Los fundamentos señalan que el museo nació entre 1967 y 1968 como una pequeña muestra de tocas y minerales dentro de la antigua Delegación de la Dirección Nacional de Geología y Minería de la ciudad de Zapala, a partir de una iniciativa del director Gregorio Moreno. En 1969, Josñe Ignacio Garate Zubillaga realizó una donación de 3500 piezas paleontológicas y mineralógicas pertenecientes a su colección personal, dando de ese modo un fuerte impulso a la creación del museo que fue inaugurado el 24 de mayo de 1969. Actualmente, realiza proyectos científicos juntos a diversas instituciones académicas.

El proyecto Nº 12.481- ingresó por mesa de entradas el pasado 4 de abril con las firmas de Maximiliano Caparroz, Carlos Sánchez, Carlos Koopmann, Francisco Rols, Encarnación Lozano, Mario Pilatti, Susana Nieva, Ramón Soto, Roberto Cacault, Viviana Tortorelli, María Laura du Plessis, Luis Sapag, Lucía Menquínez, Gloria Sifuentes, Pablo Bongiovani y Eduardo Fuentes.